Eind jaren ’80 werd de collectie ondergebracht bij het toenmalige Sweelinck Conservatorium, het huidige Conservatorium van Amsterdam. In 1991 kon daar het Sweelinck Museum zijn deuren openen. Door de begrotingsbezuinigingen in het nieuwe millennium en het blote feit dat het conservatorium als educatieve instelling geen functie voor erfgoed behoud heeft, zoals een museum, kon de collectie (toen ruim 120 muziekinstrumenten) aldaar niet gehandhaafd blijven.
Sedert de verhuizing van het conservatorium in 2007, is de behoudfunctie voor deze collectie in de jaren daarna stapsgewijs feitelijk onder de vleugels van Museum Geelvinck gebracht. De band met het conservatorium is overigens wel behouden gebleven: enkele belangrijke instrumenten staan ten behoeve van het vakonderwijs in het nieuwe conservatoriumgebouw en tevens maken conservatoriumstudenten gebruik van de oefenruimte van de Sweelinck Collectie. De doelstelling van de collectie is immers het bespelen van de instrumenten.